Nel 1990, la Flare Tecnohlogy, un'azienda creata da Martin Brennan e John Mathieson con i finanziamenti di Atari, affermò di poter costruire una console non solo superiore al Sega Mega Drive o al Super Nintendo, ma anche economica. Impressionata dal lavoro fatto sulla Konix Multisystem, una console che stava sviluppando insieme al produttore di joystick Konix, Atari strinse subito un accordo con Flare per lavorare ad una propria console, che fu messa in commercio nel novembre 1993 ad un prezzo di vendita di $249,99, sotto un accordo di produzione da 500 milioni di dollari con IBM. Il sistema fu inizialmente venduto solo a New York City e nella Baia di San Francisco. Il lancio nazionale statunitense seguì nei primi mesi del 1994.

Il sistema fu venduto con lo slogan "Do the Math", cioè "Fate i conti" (vale a dire: i giochi di una console a 64 bit sono 4 volte migliori riaspetto a quelli di una console a 16 bit), ostentando superiorità nei confronti dei rivali sistemi a 16 bit. Inizialmente le vendite furono soddisfacenti, superando considerevolmente l'osannato 3DO, che fu messo in commercio durante l'estate dello stesso anno.

Comunque, il sistema fu sostanzialmente considerato un fallimento, a causa del fatto che il Jaguar non era semplice da programmare e disponeva di una libreria di giochi non all'altezza delle sue potenzialità, sia dal punto di vista qualitativo che, soprattutto, da quello quantitativo; dato che comprendeva solo 82 titoli. Il sistema era, inoltre, afflitto da un certo numero di bug dell'hardware, incluso uno nel controllore della memoria, che fermava alcuni dei processori del sistema mentre eseguivano codice dalla RAM.Era presente inoltre, meno grave ma comunque fastidioso, un bug sull'UART.

L'ultimo grande impedimento alla diffusione di questa console, fu l'uscita del S fa Saturn, ma soprattutto della ben più nota PlayStation. In un'intervista, Sam Tramiel, amministratore delegato di Atari, disse che il Jaguar era molto più potente del Saturn e appena più debole della PlayStation. Affermò che, se la Sony avesse tentato di vendere la Playstation a 250 o 300 dollari, lui l'avrebbe denunciata per concorrenza sleale. Interrogato su ciò che considerava un "prezzo equo" per la Playstation, rispose "500 dollari". Queste dichiarazioni si sono piazzate al terzo posto tra "I 25 eventi più stupidi nella storia dei videogiochi", classifica redatta dal noto portale GameSpy,poiché alla luce dei fatti Sony piazzò sul mercato la Playstation proprio a 300$, ma nessuna critica o denuncia fu fatta da Tramiel.

In un ultimo disperato sforzo di salvare il Jaguar, Atari tentò di screditare queste due console, sostenendo che il Jaguar fosse la sola console a 64 bit, mentre i detrattori della Jaguar sostenevano che questo non era un vero sistema a 64 bit ma solo una coppia di processori a 32 bit che lavoravano in parallelo.Questa spinta pubblicitaria fu inutile, e la produzione del Jaguar fu arrestata dopo che l'Atari si fuse con la JT Storage, dunque sfortunatamente l'ultimo tentativo di Atari di ritagliarsi uno spazio nel mercato delle console fallì. Pochi giochi vennero ufficialmente sviluppati per il Jaguar, ma la console rimase in commercio fino al 1996.

Furono annunciate svariate periferiche tra cui un Voice Modem, e un casco VR, ma le uniche periferiche messe in commercio furono l'Atari Jaguar CD ed il JagLink, un semplice dispositivo di networking tra console. Prototipi funzionanti delle apparecchiature annunciate esistono (come ad esempio il Jaguar Voice Modem, in una quantità relativamente larga), incluso una versione totalmente funzionante del casco VR, con rilevazione del movimento della testa ad infrarossi, ed un adattatore stereo per connettere il Jaguar all'impianto Hi-Fi.

Dopo che l'Atari fu acquistata dalla Hasbro Interactive nei tardi anni novanta, la Hasbro rese disponibile il codice di criptatura del Jaguar, aprendo finalmente le porte agli appassionati ed ai programmatori amatoriali, permettendo loro di realizzare i propri giochi e programmi per Jaguar. Molte software house di videogiochi, tra cui Telegames e Songbird Production, hanno reso disponibile materiale non ultimato, ed altri vari titoli inediti, allo scopo di soddisfare gli appassionati.

Quindi, nonostante tutto il Jaguar ebbe un buon successo tra gli appassionati di console e molti giovani sviluppatori indipendenti crearono diversi giochi per la piattaforma. Si tennero anche diverse convention di appassionati dove vennero mostrati alcuni rari titoli mai messi in commercio. Attualmente la Songbird Production continua a produrre giochi per Jaguar e a renderli disponibili sul mercato.

Nel 1995, alcuni rumours divulgarono che Atari avrebbe messo in commercio una presupposta Jaguar II, poi mai ufficializzata.

Per competere con le console a 16 bit di SEGA e Nintendo, il Jaguar venne lanciato come 64 bit per una scelta di marketing. In passato infatti il numero di bit di una console avevano la stessa importanza pubblicitaria che ha oggi il numero di poligoni renderizzati. In realtà il Jaguar non aveva al suo interno un'unica CPU a 64 bit, utilizzava invece una collezione di processori con un bus di ampiezza variabile da 16 a 64 bit e un motore grafico a 32 bit.

Il numero di bit del Jaguar è ancora al giorno d'oggi fonte di dibattito. Esistono 2 principali teorie tra coloro che hanno familiarità con l'hardware della macchina. Siccome il bus dati principale del Jaguar e alcune CPU sono a 64 bit, alcuni affermano che l'intero sistema è considerabile come a 64 bit. D'altro canto altri affermano che può essere considerato come un ibrido tra un 32 ed un 64 bit.

• Central Processing Unit
  
  • Tom @25.59 Mhz
  • Performance complessiva in MIPS: 26.59 MIP Central Processing Unit con architettura 32 bit / RISC / 4 Kbite casa
    • Object 64 bit – non programmabile; può riprodurre una grande varietà di architetture grafiche
    • Blitter 64 bit processor - operazioni logiche ad alta velocità;
  • Jerry @26.6 Mhz
    • Digital Signal Processor con architettura 32 bit / RISC / 8 Kbyte casa
    • Sonoro in qualità CD-ROM stereo 16 bit
  • Motorola RAM @13.29 Mhz (coprocessore ad uso generalizzato)
• Memoria:
  • 2 MB RAM
• Supporto di Memorizzazione:
  • Cartucce elettroniche