Game Boy micro contiene molte funzionalità del Game Boy Advance SP, ma con un fattore estetico aggiornato. È più piccolo dei precedenti Game Boy; molto leggero e pesa circa 1/3 di un iPod mini. In più, dispone di un display retroilluminato, con la possibilità di regolarne il contrasto, in modo da adattarlo all'illuminazione.
Il Game Boy Micro include anche una mascherina rimovibile che permette agli acquirenti di comperare altre mascherine dal design alternativo.
Sul lato destro del Game Boy Micro sono presenti due pulsanti che servono a modificare il volume oppure,
tenendo premuto il tasto dorsale L, per variare la luminosità dello schermo tra cinque livelli di brillantezza.
Per mantenersi in linea con il mercato relativo alla "generazione iPod", la Nintendo ha anche ridisegnato il suo adattatore videomusicale Play-yan per adattarlo al Micro. Questo
strumento può eseguire MP3 e file video da schede SD.
Dato che il Micro è di dimensioni molto ridotte, utilizza esclusivamente porte proprietarie, quindi non standard. Poiché è stata rimossa la porta per la connessione del Game Boy Advance SP, occorre acquistare separatamente dei cavi per avere una compatibilità multiplayer completa; nemmeno il cavo Game Cube/Game Boy Advance funziona con il Micro.
La conversione del consumatore agli accessori brevettati è un'idea che non è differente da qualunque altra commercializzazione del Game Boy, ad esempio i compratori hanno dovuto aggiornare generalmente i loro accessori con la nuova unità per i Game Boy Pocket, i Game Boy Color, ed i Game Boy Advance. Per un articolo che è considerato parte della famiglia Game Boy Advance, tuttavia, molte delle differenze sono state criticate come troppo importanti. Lo SP era un altro aggiornamento ed anche se il relativo disegno era radicalmente differente, aveva mantenuto la maggior parte delle funzionalità del GBA originale.